澳洲13家孔子學院面臨著聯邦政府關於外國代理人註冊登記的更嚴格審查。政府消息人士披露，孔子學院是首批被審查目標，如果政府認定其本該註冊但卻未依法註冊，或將對其進行嚴懲。
3月12日，悉尼晨鋒報證實，澳洲律政部已經給13家孔子學院直接發信，提醒他們外國代理人透明化法律已經生效。這項新法的其中一項措施就是為了打擊外國代理人對澳洲的影響和干涉。
孔子學院是中共資助的教育機構，由中共教育部下屬的漢辦負責，表面上是在世界各地的大學裏教授中文、文化和歷史。但澳洲前總理特恩布爾的中國問題高級顧問加諾特（John Garnaut）曾表示，孔子學院跟中共統戰部有關係，參與海外宣傳活動，並被利用來影響所在大學的決策。
針對孔子學院的問題，聯邦律政部長波特（Christian Porter）表示，註冊是給這些機構提供自己考慮的初步機會。「如果機構或個人沒有註冊，而（政府）有理由相信其進行的活動需要註冊，那麼律政部次長會針對其採取一系列行動，包括下達透明化通知和對那些沒有遵守新法的（機構或個人）進行可能的懲罰。」他在給悉尼晨鋒報的聲明中說。
澳洲出台的外國影響力透明化法律是針對那些代表外國勢力、通過合法活動來對澳洲施加影響力的機構。
一名政府消息人士對悉尼晨鋒報說，孔子學院是外國影響力透明化法律針對的首批目標，如果它們不肯自願註冊，政府很可能會採取進一步措施。第一步，律政部次長可能要求這些機構提供更多信息。如果它們最終被認定為需要註冊卻沒有註冊，政府可能會下達強制透明化通知，未能遵守新法者將面臨嚴懲。
目前美國有一百多家孔子學院，是世界上擁有孔子學院最多的國家。美國參議院調查機構近日發佈的一份報告指出，「（孔子學院的）中國教師與中共政府簽訂合同，承諾不會損害中國（中共）的國家利益。這些限制試圖輸出中共對政治言論的審查，阻止人們討論潛在的政治敏感話題。」雖然美國大學有機會面試這些教師，但中共在如何選擇教師方面幾乎沒有透明度。
因為學術界、社區和政府對孔子學院的中共背景的擔憂，海外一些西方國家的大學陸續關閉了孔子學院。可澳洲仍有13所大學開設這些接受中共資金的孔子學院。
悉尼科技大學知名中國問題專家馮崇義教授對悉尼晨鋒報說，孔子學院是中共政府的延伸，其活動受到中共嚴控。「如果（外國影響力透明化法律）足夠嚴格，對於孔子學院來說肯定是適用的。」
外國代理人註冊期限已經於3月10日截止。據澳洲人報報道，目前為止僅有8個個人或公司註冊。
開設孔子學院的澳洲大學有：昆士蘭科技大學（QUT）、格里菲斯大學（GU）、昆士蘭大學（UQ）、新南威爾士大學（UNSW）、紐卡素大學（University of Newcastle）、悉尼大學（University of Sydney）、查理斯達爾文大學（CDU）、阿德萊德大學（University of Adelaide）、拉籌伯大學（La Trobe University）、皇家墨爾本理工大學（RMIT）、墨爾本大學（University of Melbourne）、維多利亞大學（Victoria University）和西澳大學（UWA）。#
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