根據「軍政府組織大綱」的規定,中華民國爲戡定叛亂、恢復臨時約法,特組織中華民國軍政府,選舉海陸軍大元帥一人、元帥二人,主持一切。大元帥對外代表中華民國,大元帥有事故不能視事時,由首次選出的元帥代行其職權。軍政府下設外交、內政、財政、陸軍、海軍、交通六部,各部設總長一人,由國會非常會議分別選出,咨請大元帥特任之。
國會非常會議選舉中山先生爲軍政府大元帥,其用意繫在虛總統之位以待黎元洪南下。後軍政府又改爲總裁製,以政務總裁7人,組織政務會議,由各部長所組織的政務院輔助,行使軍政府的行政權。
此時,南方勢力比較強大的派系有李宗仁的桂系和唐繼堯的滇系。
由於孫中山與唐繼堯等派繫在是否承認北京政府上存在分歧,孫中山在護法運動等諸多事情上受到掣肘。而桂系爲了控制廣東的勢力範圍,提出改組軍政府。1918年1月,西南護法各省聯合會議在廣州成立,以「擁護約法,保障國會,征討禍首,戡定內亂,以鞏固統一之根基,促進憲法之成立」爲宗旨,並以爲護法各省最高政務執行機關。聯合會議雖以護法爲名,實則用以對抗廣州軍政府。孫中山無奈之下,爲了促進團結,亦表示贊同。於是,西南各省聯合會遂與軍政府形成對立的局面。
1920年10月,駐紮在福建漳州的陳炯明回到廣東。部份政務總裁宣佈取消自主。北京國民政府總統徐世昌下令接受,孫中山等通電否認,並決定在廣東再次召開政務會議。因與其他軍閥的分歧,孫中山辭去了大元帥之職,並離開廣州前往上海。
孫中山離粵後,廣州軍政府受桂系軍人和政學系政客控制。1920年7月,北方直皖戰爭爆發,直係獲勝以後,對桂系軍閥及政學系政客大加拉攏。8月中旬,陳炯明奉孫中山之命自福建漳州率領粵軍回粵,討伐軍政府的桂系等。
在陳炯明回師廣東之前,唐繼堯致電孫中山等,稱國會將移往重慶,而國會議員在滇亦議決國會及軍政府移設重慶。20日,粵軍入汕頭,次日,孫中山等表示將赴重慶設立政府。同年10月下旬,粵中要地已全爲粵軍所佔領。在桂系軍閥退出廣東時,所謂七總裁合議的軍政府已經瓦解。23日,廣州軍政府政務總裁宣言引退。軍政府政務總裁等見難再容於西南,遂公然投降北京政府,宣佈取消廣州軍政府。而孫中山隨即與唐紹儀、伍廷芳、唐繼堯以軍政府政務總裁名義,通告中外,宣言軍政府依然存在,否認北京政府擅頒的南北統一之令。粵軍繼續西進,桂軍大敗。不久,孫中山返粵,恢復軍政府,重開軍政府政務會議。
雖然,軍政府的恢復,其責任固在繼續護法,但是,護法亦斷不能解決根本問題。因爲,護法僅在矯正北京政府的非法行爲,對內仍承認北京政府爲中央政府,對外亦不具有國際地位的效力;而前次倡導護法,尚有川、桂等省加入,範圍較大,今則區域縮小,愈見護法已不適宜。甚且北京政府大總統徐世昌曾下令以舊國會選舉法選舉總統,則是公然承認其總統職位爲非法選出,亦即不敢自命爲正式政府。孫中山先生提出了建設正式政府的倡議。
1921年,國會在廣州召開非常會議,會議議決取消軍政府;同時,議決中華民國政府組織大綱;並依大綱第二條文,選舉孫中山爲「非常大總統」。不久,孫中山函勸北京政府徐世昌大總統即日引退。北京政府隨即下令討伐南方,並命桂省出兵擾粵。孫中山派陳炯明等討伐桂系,取得勝利。
爲了實現統一全國的理想,1922年,孫中山在廣西籌備北伐。同時,爲借助蘇俄勢力,孫中山決定採行聯俄容共政策。5月,北伐軍攻入江西。不久,陳炯明在直系的拉攏下叛變,圍攻孫中山的府第。孫中山被迫離開廣州,去了上海。而北伐也暫時中止。在廣東的滇軍,桂軍和一部分粵軍討伐陳炯明。陳敗走惠州。1924年,孫中山再次回到廣州,以大元帥身份主持政務,廣州大本營正式成立(陸海軍大元帥大本營)。當時,陸海軍大元帥大本營的地位不受各國重視,國際間都不承認廣州政府是代表中國的政府,僅視同地方政府,透過領事與廣州政府交涉。大元帥大本營的性質與普通政府不同,所以稱爲「革命政府」。後來,這個革命政府改組爲國民政府。
1925年,孫中山應北方軍閥馮玉祥等之請,決意北上,商討國事。不料,當孫中山到達北京時,段祺瑞已在十日前入京就任臨時執政。孫中山召開國民會議與廢除不平等條約的主張,不被段祺瑞所接受,終因肝癌復發,於3月12日在北京逝世。次日,廣州大元帥府會議裁大元帥職,解除胡漢民代帥職務,未有結果。
1922年到1926年間軍閥間共爆發了6次省際戰爭。戰爭給人民帶來的是無盡的災難。軍閥混戰對經濟的負面影響是所有歷史學家公認的,按Feaerwerke(1983,pp.28-127)所記載,軍閥混戰時期,不同軍閥在其佔領某地時期重複收稅,並預收未來的稅,操縱實物與貨幣的換算率,增加苛捐雜稅、戰時捐稅,並進行強制糧食徵購,使經濟不堪重負。由於連年戰亂,農業的商業化趨勢被逆轉,農業生産力和産量下降,城鄉之間的貿易被中斷。同時,鐵路線和水利灌溉系統等公用設施被毀,吸食鴉片的惡習也開始死灰復燃。
但是軍閥混戰時期也是中國思想界最活躍的時期。根據經濟學家楊小凱的研究:軍閥混戰也産生了類似歐洲政治不統一的效果,制度試驗多樣化增加,地方自治的觀念和制度以及憲政的推動(例如制定憲法)都在這一時期有不少進步,也爲以後的憲政發展提供了基礎。◇
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