位於台灣新竹的國立清華大學傳出遭中共組織滲透，中共組織進入清大校園設點攬才，引發台灣高科技技術及人才外流的擔憂。台灣國安局證實此事，並表示密切掌握情況。
台灣的清華大學校友會與中共廈門市當局、北京清華大學2015年合設「清華海峽研究院」，官網自稱是北京清大與「地方」共建的第5個「地方」研究院，致力加快「海峽西岸經濟區」、與「一帶一路」核心區建設，促進兩岸融合。
台灣立法院外交及國防委員會11月8日邀請外交部、國家安全局、經濟部、行政院經貿談判辦公室、農業委員報告「推動我國加入CPTPP進度、產業衝擊評估及因應對策」，並備質詢。
立委趙天麟質詢國安局副局長陳進廣時提及，媒體報道具有中共官方背景的清華海峽研究院，在清華大學成立分支機構的新竹辦公室，從事技術研發、攬才及投資，涉嫌違反《台灣地區與大陸地區人民關係條例》（簡稱《兩岸條例》）相關規定，報道內容是否屬實。
陳進廣答詢說，大家都很關心中共對台的任何滲透作為，「國安局、國安單位及相關的情資部門都有所掌握」，國安局掌握相關的情況，都有送請相關主管機關參考，也尊重相關業管部會的處理。
趙天麟續問，清華大學是否有依照法規，向主管單位申報成立辦公室？陳進廣說，這是由教育部業管，「確實有一些沒有按照程序去辦理的問題」。
立委王定宇質詢，清大的這個（清華海峽研究院新竹）辦公室是隸屬於中共的黨政組織嗎？陳進廣表示，對於中國大陸來講，沒有任何民間組織，所有組織都在黨的控制下，而且中共目前非常缺乏半導體相關科技人才，「目前在相關人才的缺口上，至少就有60萬的缺口」。
王定宇指出，中共在清大設置辦公室是侵犯學術自由、校園自主，可能涉及偷資料、挖人才，成立當時為何清大要配合，裏面是否有人受中共的指令來發展組織？陳進廣表示，目前掌握的事實都送請相關單位。
立委王美惠質詢陸委會主委邱太三，何時知道清華海峽研究院在新竹設立辦公室？邱太三表示，今年七月收到相關情資，八月發文給教育部，教育部應發文通知所有大專院校，若有此情形違反《兩岸條例》。
時代力量立委陳椒樺質詢說，中共為了竊取台灣高教的科研，現在魔爪已經深進台灣，目前對清大要如何處置？邱太三表示，根據《兩岸條例》規定，會由教育部針對相關行政情形做調查和處理，相關情況若還繼續，也會有刑事責任。
清大表示，該機構不屬於校方，校方也未曾知悉或參與其中運作。教育部今天表示，清華海峽研究院於清大設新竹辦公室，陸委會認定違反《兩岸條例》，將依法裁罰新台幣50萬元以下，並要求即刻撤離。
趙天麟在立法院接受媒體聯訪表示，「清大不該當作只是辦公室出借，來進行切割。因為它基本上是由清華校友會、過去的教職人員，以校園的空間跟中國（中共）合作，也事實上影響了台灣的技術跟人才外流，應該嚴加追究。這樣的情形在澳洲、美國、加拿大已發生過相當多，而這些與台灣理念相近國家，也用嚴格方式來處理，台灣當然不能自絕於外。」
行政院長蘇貞昌今天在台南參加國立台灣歷史博物館升格儀式時表示，中共謀台日急，不僅飛機繞台、船艦騷擾不斷，更利用各種滲透手段製造混亂、竊取資料，國人要注意自己的國家自己救，大家要處處防禦中共滲透破壞與不軌，並要求政府各機關依法防護。#
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