6月16日，中紀委公佈對14所中管高校巡視反饋，其中對北京大學的反饋包括校辦企業管理混亂。同日，外媒曝北大領導層效忠令計劃、方正集團腐敗案，以及北大淪為淫窩的內幕。
中紀委官網當日公佈對北大專項巡視的反饋稱，「選人用人問題突出，程序規矩不嚴、制度執行不力、機構編制管理混亂。校辦企業管理混亂，附屬醫院管理薄弱，廉潔風險突出」等。
而北大的校辦企業北大方正資產高達上千億元，方正腐敗案牽出令計劃家族以及國安部副部長馬建等人。《東方日報》曾報道，王岐山在內部將北大方正案定性為「高校腐敗的第一大案」。
北大腐敗及前書記向令計劃效忠內幕
6月16日，自由亞洲電台網站發表時評人士高新的評論文章稱，令計劃之子令谷出車禍之前，北京大學即不斷有實名和匿名信揭發北大黨委書記閔維方為「高官子女開後門」，當時向中紀委和最高檢察院舉報北大方正集團的信也很多，習近平和胡錦濤決定放棄「十八大」對晉升閔維方為正省部級的計劃。
朱善璐接替北大黨委書記職務後，閔維方被閒置了好幾個月才出任全國政協系統的一份閒差。
文章稱，當年令計劃的秘書為令谷在北大繼續佔一份研究生名額給教育部長周濟打電話，周當天分別給北大校長許智宏和黨委書記閔維方打電話督辦。閔維方馬上落實，還主動以北大黨委書記等身份給令計劃寫了一封信，匯報他本人已經親自到校招生辦公室和落實令計劃兒子的入學事宜。
此前令谷以化名進入北大之後，閔維方還在校黨委會議上「傳達了中央領導令計劃同志的指示」，一定要為化名進校的令計劃之子作好保密工作，校保衛部一定要保證其在校期間的人身安全。
會後，據說半數以上的北大校黨委常委先後到令谷宿舍裏看望和慰問他。
文章稱，令計劃被內部調查後，海外華文媒體揭露令計劃與北大方正集團的權錢交易過程中、北大整個領導層的腐敗黑幕。其中北京大學時任校長王恩哥用出售專利的方式，從北大方正獲利高達上億元人民幣。
當時有海外中文媒體報道說，時任北大前黨委書記閔維方也曾從方正獲取暴利，並一手扶植魏新出任方正董事長。
文章稱，閔維方曾經以北大副校長身份出任方正集團董事長，還兼任北大教育學院院長，該學院常務副院長就是後來與令計劃同時被抓的魏新。2001年11月開始，閔維方退居幕後，魏新接任方正集團董事長。
此前6月14日，自由亞洲電台發表高新的文章並引述消息人士的話稱，已經「從多個不同來源，獲知北大方正集團、北京大學與令計劃家族更深的勾結」。「消息人士」說，北大方正集團之所以能這麼牛，是因為通過早年畢業於北大的令計劃妻子谷麗萍和兒子令谷，與令計劃拉上了關係。
北大方正集團得到雙重關照：一是因其CEO李友向令計劃的「西山會」政治投資，得到谷麗萍投桃報李，各方面開綠燈；二是北大黨委書記閔維方企圖借重李友，打通與令計劃集團的直接渠道，對北大方正也是有求必應。
北大校長、黨委書記涉淫亂醜聞
高新上述的文章稱，閔維方下台後，北大黨委書記朱善璐也醜聞纏身。不久前，北京大學被曝為中共高官輸送美女學生以及向高官賣北大文憑等醜聞，王恩哥、朱善璐等人捲入。
而數年前大陸網站公開發表北大校黨委一位秘書撰寫的《污穢的北大和醜陋的北大權貴們》一文，揭露北大領導層的權色醜聞。文中說，許智宏任校長時，經常有一些時尚、漂亮的年輕女子來找他，直接進入其辦公室。這些女子有些是學生藝術團體的女生，有些是校辦企業的人員。一些女生還會到許的住所和他一起做飯、聚餐。
許智宏出國訪問、去外地出差，有時會指名帶某些部門的年輕女士隨同。在北大有些和校領導關係密切的女幹部受到特殊待遇，乃至獲得升遷不足為奇，甚至還傳出「許校長好幼齒，周校長喜熟女」的說法。
該文還揭露朱善璐擔任北大黨委副書記期間，就擅長攀附權貴，與地方領導人和各地私企官商建立利益輸送鏈。該秘書親歷一次朱善璐借「校務工作」需要之名在校內宴請「達官顯貴」，席間特別安排女學生以唱歌為名陪同。
此前，北大就曝出潛規則淫亂醜聞。如2012年8月21日，前北大教授鄒恆甫在新浪微博發文說，北京大學的院長、教授、系主任們在夢桃源飯店吃飯時姦淫漂亮的女服務員，「北大淫棍太多」。
同年8月22日、24日，大陸資深財經評論員韓令國在微博說：「北大院長、教授潛規則女學生是眾所周知的事情⋯⋯」
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