當戚繼光訓練的三千浙兵抵達駐地後，列隊嚴整，陳列在郊外。時逢天降大雨，這些浙兵從早上站到下午，一動也不動。邊關兵卒見到這場面大吃一驚，自始領教了戚繼光的軍令。
橫嶼之戰後，戚繼光又陸續在平海、仙遊等地取得大捷。戚家軍緊緊追擊倭寇餘黨，直接將他們逼到了海上。倭寇殘部無處可逃，只得搶了漁船出海逃竄。
朝廷敘功嘉獎。在抵抗倭寇的將領中，俞大猷同樣戰功赫赫，也是一代戰將。但因戚繼光光芒太耀眼，戚家軍在軍中人氣爆棚，鋒芒遠遠蓋過了老將俞大猷。譚綸上表敘功，以戚繼光為首，劉顯、俞大猷次之。戚繼光因功，取代俞大猷成為總兵官。嘉靖皇帝舉行祭祀大典，告謝天地諸神，庇佑大明。
戚繼光為將號令嚴厲，賞罰分明。他重信重義，對待麾下將士，亦師亦友，亦父亦朋。將士們心甘情願聽他號令，為其出生入死。戚家軍如獅如虎，行動迅猛，如同飆發電舉，勢不可擋。戚家軍威震東南之際，戚繼光也面臨著軍旅的轉折點。
隆慶元年（1567年），明穆宗登基，新的一朝拉開了序幕。與此同時，北方邊防多次傳來警訊。天子請召俞大猷、戚繼光專門訓練邊關兵卒。後來兵部大臣商議，決定獨用戚繼光練兵。朝廷下詔，請他擔任神機營副將。次年五月，命戚繼光總理薊州、昌平、保定三鎮練兵一事，總兵官以下都要受他的節制。這是守護京城皇都最重要的防線。
當時，大明各地駐軍積弊雷同，軍紀渙散，武備老舊不精，士氣萎靡不振。所以當戚繼光來到駐地後，看到的軍隊問題和他當初在浙江看到的情況幾乎一樣。在南方，要面對倭寇海盜；在北方，要面對蒙古騎兵。兵種不同，戰術自然有別。戚繼光來到駐地後，將當地軍隊的情況上報天子，提出革除軍中七害，增強練兵。
以前的將領鎮守薊門，以為防禦蒙古，要靠騎兵。所以邊關的兵卒只會騎馬，卻不熟悉山戰、林戰、谷戰。戚繼光觀察地形，薊門除了平原，還有山谷、森林等，提議採用戰車、騎兵、步兵混編，可以出奇制勝。
明朝自嘉靖以來，依靠長城防範外敵。雖然每年都要耗費大量財力修築城牆，卻因沒有建設墩台，也就是衛哨所，所以即使修繕城牆，也沒有多大意義。戚繼光請求朝廷同意修建1200座可以駐兵百人的高台。
由於邊關兵卒漫無紀律，不懂使用長短兵器，也不會使用火器，訓練起來還需要些時日。戚繼光上書朝廷，請求徵調他在浙江訓練的士兵。朝廷同意了。當三千浙兵抵達駐地後，列隊嚴整，陳列在郊外。時逢天降大雨，這些浙兵從早上站到下午，一動也不動。邊關兵卒見到這場面大吃一驚，自始領教了戚繼光的軍令。
在上書中，戚繼光還提到，朝廷任命他的這個官職是新創的。薊州、昌平、保定三鎮將領各有統屬，不會輕易接受他這個空降的長官。他懇求朝廷放權，以便讓他大展身手，革新軍政。明穆宗准奏放權，讓戚繼光力行革新。
在戚繼光之前的十七年間，北方駐地就換了十位將領。而戚繼光在北方這一待，就待了十六年。幸賴內閣大臣徐階、高拱、張居正倚重，以及多位督撫大臣如譚綸等的諒解，朝廷對他沒有太多掣肘之事，戚繼光坐鎮十六年，修飭邊防，節制精明，使得薊門固若金湯。北蠻無法攻入，只得轉而進犯遼東。戚繼光率兵增援，協助遼東守將李成梁擊退北蠻。朝廷封戚繼光為太子太保，又晉封少保。他的繼任者，採用他定下的規章，保得邊關幾十年安然無事。戚繼光也贏得了當地軍民百姓的愛戴。
戚繼光在北方待了十六年。隨著重臣的隕落，他的軍旅生涯也由如日中天，轉為西山日落。萬曆十年（1582年），內閣首輔張居正去世，朝中掀起清算張居正同黨的風潮，戚繼光無故遭到牽連。朝臣張鼎思趁機上言，將戚繼光調任到偏遠的廣東。
戚繼光離開薊門時，薊州百姓自發罷市，圍聚在道路兩側，流著眼淚為戚繼光送行。部將陳第親眼目睹了百姓送行的感人場面，作《送戚都護歸田》詩，記載了當時的場面。詩文云：
轅門遺愛滿幽燕，
不見胡塵十六年。
誰把旌麾移嶺表，
黃童白叟哭天邊。
萬曆十三年（1585年），給事中張希皋彈劾戚繼光。戚繼光南殲倭寇、北鎮蒙古，戎馬一生，最終遭到罷免。回到闊別多年的故鄉，戚繼光站在故鄉的大海面前，他將滿心的愁苦，濃縮為簡練的詩文，和著大海的濤浪聲，訴說著心中壯志未盡的豪情：
三十年來續舊遊，
山川無語自悠悠。
滄波浩蕩浮輕舸，
紫石崚嶒出畫樓。
日月不知雙鬢改，
乾坤尚許此身留。
從今復起鄉關夢，
一片雲飛天際頭。
戚繼光去世之前，他給祖先寫了一封祝文：「雖用祖宗之積以多，未能為之益，亦未敢為祖宗累也。」在數百年中，他是戚氏家族最大的榮耀，然而他如此謙遜。在經歷命運的風雨後，叱咤風雲的大明戰將，孤獨落寞地在家鄉生活了三年。
他去世後，人們發現這位戚少保，雖四提將印，掌管大明重兵三十多年，家中並沒有多少財產，只有數千本藏書而已。（四提將印，佩玉三十餘年，野無成田，囊無宿鏃，惟集書數千卷而已 。)
一代傳奇名將隕落了，大明朝也失去了護國柱石。隨著女真人努爾哈赤在東北崛起，大明朝步入了尾聲。◇
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