中共肺炎（俗稱武漢肺炎、新冠肺炎）蔓延全球，台灣因防疫表現良好、獲國際高度讚賞。不過中共國台辦在微博發文，批評中央流行疫情指揮官陳時中沒有專業，隱瞞疫情操縱民心。對此，衛福部次長何啟功2020年5月21日表示嚴正抗議，並強調台灣防疫靠的就是公開透明，「真正說謊的其實就是他們自己，不是我們」。
立法院外交及國防委員會5月21日邀請外交部長吳釗燮、衛生福利部長陳時中就「我國參與第73屆世界衛生大會（WHA）」專題報告，並備質詢。民進黨立委王定宇質詢時表示，中共國台辦5月20日發文說，陳時中專門說謊、隱匿疫情，衛福部的看法為何？
對此，何啟功表示，衛福部會嚴正的抗議，因為這次台灣防疫的成功，就是因為每天都有公開透明的相關疫情報告，以及決策過程，讓所有的民眾凝聚在一起防疫，「真正說謊的其實就是他們自己，不是我們」。
王定宇表示，中共國台辦批評別人隱瞞說謊，反觀自己卻驅趕外國媒體，開記者會也不像陳時中一樣，讓記者問到滿、問到飽，而且又不讓外國進入調查數據。
他認為，中共之所以要這樣罵台灣的衛福部長，是因為台灣不只是防疫成功，而是證明民主國家用資訊透明成功防疫的典範，「這一點剛好打了它們的臉」，中共隱匿數據、認為獨裁國家比較有效率，但台灣的表現讓中共如芒刺在背。
何啟功表示，他常跟很多朋友都說，在台灣你只要看記者會、看媒體就能得到正確訊息，但在中國反而要上社群媒體、網絡才看的到真正的訊息。
王定宇補充，那還要訊息在被中共刪掉、屏蔽之前。他強調，論說謊的能力，中共如果自稱第二，地球應該找不到第一了。
衛福部認證：中國有第二波疫情
另外，近期中國哈爾濱、黑龍江、吉林相繼爆發本土疫情，甚至武漢1,100萬人也進行全面篩檢，王定宇表示，中共要跟世界衛生組織（WHO）秘書長譚德塞相互取暖，那是他們的事，但擔心若中共隱匿第二波疫情，會影響台灣的邊境開放與防疫作為，詢問衛福部的看法為何？
何啟功坦言，「事實上有（第二波疫情）」，衛福部正密切注意所有網絡上訊息與其它的蛛絲馬跡，「只要他們報十個（確診），我們就在猜後面有好幾倍的人」。
至於是否有在隱匿？數據真不真實？何啟功表示，中共的數據向來被世界各國認為，並非事件的全貌，所以台灣要小心。
疫情指揮中心5月21日記者會上，陳時中回應表示，其實自己只是稍微描述一下看到的事實，沒想到引發對岸反彈，並認為在這個抗「疫」100多天的時間裏，大家也能看到新興病毒的變化，儘管現在人類科技已經很進步，但對於環境、生物各方面了解還是很有限，面對這樣的病毒，只能誠實、謙卑以對，這也是台灣對抗病毒的既定戰略，從抗「疫」第一天到今天都沒有變。
陳時中表示，在每個決策裏面都會有兩難情況、痛苦的決定，也都是在有限了解之下，不得不做出的決定，對於所有的批評，自己秉持著「有則改之，無則勉之」的態度，並直言對於事情的對錯，「歷史會還原真相，不用急在一時」，隨著時間慢慢拉長，大家對於前面發生的事，就會看的更清楚，那自然就會有公斷。 ＃
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