許多基督徒把黑死病視為當代大洪水，認為人類的墮落導致了神明的懲罰，上帝用瘟疫清除世上的罪惡之人。教會把黑死病叫作「上帝之鞭」，稱：「上帝之鞭，已然降世。」
正如當時的主教威廉姆斯‧埃丁頓所說：「人類的縱慾是多麼可怕……如今它變本加厲，這理所當然要激起神的憤怒。這場災難就是神明對人類這眾多罪惡的懲罰。」
瘟疫中， 人們對教會失望
14世紀時，歐洲大多數國家都被稱為「基督教國家」，教會已成為歐洲人生活的中心，生老病死、婚喪嫁娶都離不開教會。但後世研究者認為，中世紀教會的後期，因過多地走入形式與政治而遠離了上帝。
當時教宗為教職明爭暗鬥的事情屢見不鮮，常常涉及金錢交易。在有些地方，只要向教會捐一定數額的錢，就可以任教職，按所捐數額多少，任職高低不同。基層神職人員也利用遺囑檢驗、喪葬等事務搜刮錢財，神職人員漸漸喪失了基督徒應該恪守的清廉、節慾與忍讓的品德。
教會突破原始基督教義的禁忌，參與經營商業、從事高利貸活動，甚至有教宗以修繕大教堂為名聚斂資財；教會還曲解教義，把敬奉上帝當作一樁可以牟利的生意，兜售各種價位的「贖罪券」、「聖徒靈物」。
教會宣稱購買「贖罪券」或替死去的人購買，所犯罪行即可得到上帝的寬恕，可在天堂買一塊領地，而擁有「聖徒靈物」就可消災避難。大量愚迷的教徒上當受騙，以為花錢就能積累功德、消去災禍。
很多神職人員個人生活墮落，主教、神父等違反獻身教會時的誓言，公然違反教規——蓄養情人，私生活混亂。修道院戒律鬆弛，連修女生私生子也成了平常之事。
黑死病爆發之時，教會的表現令所有人失望，大部份神職人員不肯履職，爭先恐後地逃命，有的利用教徒的恐懼心理，乘人之危招搖撞騙，加緊兜售據說能夠祛病的「聖徒靈物」以飽私囊。
雖然幾乎是全民信教，但基督教誨的美德無存，生死面前人情淡薄。人們互相提防遠避，不肯照顧得病的親人。兄弟逃離兄弟，妻子逃離丈夫，甚至父母逃離自己的孩子；有人發現與黑死病相符的一點點症狀，就把疑似者反鎖起來，任其渴、餓而亡；大批官吏棄職逃走，治安官吏和公證人拒絕為死者作遺囑；有的法院，法官出走一空，人們無法正常訴訟。
在瘟疫的間歇中活下來的人，盛行及時行樂、得過且過的生活方式，很多人揮霍成風、沉湎酒色。羅馬、巴黎、科隆等大都市的歌舞場、賽馬場裏，人們徹夜縱酒狂歡，連主教等神職人員也捲入自我放逐的狂潮。政府官吏趁火打劫，肆意將國家的財富資源據為己有，人性中的醜惡不加約束地徹底暴露，社會的基本道德坍塌了。
黑死病是一種對正信的檢驗
其實，在基督教教難時期，正是許多人見證過基督的神蹟，歸信了基督，才躲過了古羅馬的幾次大瘟疫。那時的基督徒，普遍有著高於普通人的道德操守，他們傳播福音，使很多人獲得平安喜樂，遠離了災殃，但後來，對基督的信仰開始走向形式化與世俗化。
黑死病爆發後，教徒們把希望寄託在教會，甚至變賣所有家產捐給教會，以為這樣就可以消災、避難。數以萬計的教徒從四面八方到羅馬朝聖，認為通過自我鞭笞的苦行就可消除自身的罪惡。他們匍匐在地、懺悔、鞭打自己，直至全身血跡斑斑。
瘟疫並沒有因此止息，人們由此對教會產生了懷疑。但是，雖有死神肆虐，也有信徒祈禱、懺悔，感恩康復，基督徒的慈悲心與信心，成為瘟疫中的明光。
面對教會腐敗，僧侶馬丁‧路德認為，教宗不能居於《聖經》之上，基督徒必須遵守和信奉戒律。路德敦促基督徒在瘟疫恐慌中，要展現出勇氣、常識和憐憫：
「無論威脅是來自逼迫還是瘟疫，基督徒首先要遵守上帝的律法，對他們的同胞履行義務。」
路德說，上帝降下瘟疫，既是作為一種懲罰，也是對基督徒的試煉，上帝要看基督徒如何以信心依靠上帝、以愛心對待鄰舍。
雖然身邊很多人染疫而死，路德還是選擇留在了疫區，繼續為病患及垂死者服務。他開放了自己的家，與懷有身孕的妻子凱瑟琳一起接待病患。
路德相信，上帝會給予那些照顧瘟疫病患的基督徒一定程度的神聖免疫力。
「經驗表明，那些用愛心、奉獻和真誠來護理病人的人，通常會受到保護。雖然他們染毒，卻沒有遇害。」
路德還說：「由於貪婪，或期望繼承產業，或因這種服侍能獲得其它個人利益而去看護病人的，如果最終被傳染、毀容，甚至死亡，應該不要感到驚訝。」
路德一家沒有被傳染，雖然他的小女兒出生沒多久即夭折，也沒有使路德改變對神的信念。
黑死病以後，很多人因為對教會、神職人員失望，對基督教產生懷疑，繼而懷疑上帝，於是，及時行樂的現世主義、個人主義、世俗主義的理論及文藝新潮流由此產生。
但還是有很多人更加敬畏上帝，他們認為，不是上帝預定了災禍，而是人們離棄了道德與戒律，而瘟疫，正是給人悔改歸正的機會。宗教不正，不是神不正，正信的基督徒不再依賴宗教，他們反省自己，在虔誠潔淨的生活中，尋求與上帝的直接關係，由此也帶來了後來的復興。
按照基督教的一種說法，公元1670年以後，當黑死病殺死自己所有的宿主後，就神祕地撤離了人間。它從未被人類打敗，所以也並沒有消失，也許，它只是暫時饒過了人類，潛伏在看似乎安全可控的現代生活的陰影裏，如果人類不接受教訓，遲早一天，它還會改頭換面，捲土重來……◇
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