元·至元六年（公元1268年），被分封到蒙古以西海牙里（今哈薩克塔爾迪·庫爾干爾）的成吉思汗第三子窩闊台之孫海都，率領部眾發動叛亂。
海都與成吉思汗次子察合台的後裔欽察汗國可汗，在塔拉斯河會盟，公開反對忽必烈和伊兒汗國（蒙古四大汗國之一，由成吉思汗幼子拖雷的後人統治），並商議以海都為盟主。參與會盟的蒙古諸王認為忽必烈已經被漢族同化，聲稱要對忽必烈用兵以恢復蒙古人的遊牧本性。
平諸王叛亂
之後，以海都為首的諸王時常侵擾西北地區，忽必烈徵調正在攻宋的伯顏北上平叛，因海都採用遊動作戰的方式，所以雖然伯顏軍始終佔上風，但也沒能徹底將海都打敗。
至元七年（公元1269 年），忽必烈以那木罕為將，在別失八里擊敗海都。至元十二年（公元 1274 年），忽必烈再遣安童輔佐那木罕西征。未料，那木罕部將昔里吉等，於次年底，發動兵變，將安童抓獲後，交予海都。不久後，海都會同察合台汗國君王揮師東進蒙古本部，最終被驍勇善戰的元朝將領土土哈趕出漠北大帳。
至元二十四年（公元 1286年），海都以偏師襲阿勒台山地區，自率主力在馬納思河（今瑪納斯河）與元軍交戰，元軍戰敗，後殺到哈密。畏兀兒亦都護火赤哈兒，這時屯駐於哈密，戰死。海都不久退回。元軍重戍於畏兀兒之地，斡端也再度回到元朝控制下。
與此同時，海都又鼓動東部諸王後裔乃顏、勢都兒、哈丹等人發動叛亂，他們還一度發兵佔領和林，但不久即退出。忽必烈聞訊後，派兩路大軍前往，消滅了叛亂勢力。平叛後，忽必烈設置了遼陽行省，並在叛王封地內置萬戶府，用以削弱藩王的權力。
然而，海都仍未放棄在西北的騷擾。公元1288 年，西線海都軍東進打敗嶺北的元軍。1289年，海都再次進攻和林，74 歲的忽必烈親自率兵北上，海都不敵，率領部眾遠逃。
公元1292 年，時任嶺北樞密院使、欽差親軍衛都指揮使的土土哈在阿爾泰山一帶大敗海都。次年，收復唐努山以北烏斯等五部之地，並在此屯兵駐守，這給了海都很大打擊。忽必烈還先後派遣伯顏、玉昔帖木兒等人主持西北軍事，海都勢力遂被逐出至阿爾泰山之北。
公元1301年，元成宗時，海都糾合四十諸王再度進兵元朝，最後在和林被元軍擊敗，海都因傷重不治而亡，其子察八兒繼汗位。1306年，察八兒投降，西北諸王的叛亂至此才全被平定。
在平叛西北、東北諸王叛亂的同時，忽必烈也加強了對邊疆的管理。
對西北邊疆的管理
元朝的西北邊疆，主要指今天的新疆地區，居民主要是畏兀兒人。公元9 世紀回鶻人以高昌（今吐魯番）為中心建立了高昌回鶻王國。12 世紀，高昌回鶻王國附屬於西遼，受西遼所派「少監」控制，向西遼繳納大量貢賦。 13 世紀，草原上崛起的成吉思汗威名遠播天山南北，高昌回鶻王國的亦都護（國王的世襲尊號）聽說後，決定擺脫西遼少監的暴虐監治，投靠寬宏有度量的成吉思汗。
公元1209 年，回鶻的亦都護殺死了西遼少監，遣使臣覲見成吉思汗，表示歸順。 1211 年春，他又親自去覲見成吉思汗，求娶成吉思汗之女。成吉思汗因其主動歸附，便把女兒嫁給了他。自此，亦都護王族與成吉思汗皇族也形成了世代聯姻關係。
與其它被征服國有所不同的是，高昌回鶻一方面是蒙古大汗的藩臣，必須履行納質、進貢、出兵從征等藩臣義務，但另一方面，亦都護對自己的領地和屬民有一定的自主權。此外，由於畏兀兒位居東西方交往的通道，對蒙元時代東西方經濟、文化、科技的交流也起到重要作用。
在高昌回鶻歸附後，其西部的天山南北及中亞地區，仍是西遼的勢力。對此，成吉思汗又派大軍進入西遼境內，並在公元1218 年滅掉西遼。西遼歸屬於成吉思汗後，大蒙古國就與花剌子模王國的邊界接壤，更方便了雙方的交往。成吉思汗去世後，新疆西部地區分別成為察合台汗國和窩闊台汗國的領地。
忽必烈時期，窩闊台汗國海都支持阿里不哥爭奪大汗位，在忽必烈戰勝阿里不哥後，海都實際控制了新疆西部大部份地區，並聯合察合台後裔一再向忽必烈挑釁。
忽必烈除了派皇子那木罕率親王7人，及數千兵馬，駐紮在阿力麻里威懾海都等地外，忽必烈還將北庭（今吉木薩爾）地區視為西北軍事重鎮、戰略要地，在此先後設別失八里行尚書省、北庭都護府、別失八里宣慰司、別失八里元帥府、西域衛親軍都指揮使司、北庭元帥府等機構。這對於防禦海都、穩定西域局勢、發展經濟起到了重要作用。
為發展當地經濟，忽必烈還在新疆地區大力推行屯田，鼓勵百姓墾荒，設冶煉場、鑄造農具。同時，減免賦稅，賑濟飢民，給缺少耕牛、籽種的農民分配耕牛、籽種。此外，還興辦紡織、布染等。公元 1266 年，忽必烈下令設置了忽丹八里局， 促進和田絲綢的生產。「和田綢」在當時和後來的朝代都很有名。 1286 年，又在別失八里設別失八里局，負責當地絲綢紡織品生產，包括王室御用的「納失失」錦緞。
為加強新疆與內地以及中亞地區、南北疆之間的聯繫，忽必烈還設立數量眾多的驛站。如公元 1274 年在和田、鴉兒看（今莎車）兩地設水驛 13 處；1281 年， 從外高加索山太和嶺至別失八里修建30 個驛站；1282 年，在新疆東部羅卜（今若羌）、赭里輝（今且末）設驛站。這些驛站的建立不僅加強了多方的聯繫，也便於軍事情報的傳遞。
當時元朝推行的鈔法也在新疆各地實行，公元 1280 年。忽必烈下令設置立畏兀境內交鈔提舉司、交鈔庫，管理新疆地區元鈔的印製、發行和兌換等事宜。設置提刑按察司，處理司法訴訟；設哈贊忽咱、哈刺火州總管府等，以加強戶籍賦稅的管理。◇（待續）
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