周日（4月4日），花蓮檢方將台鐵太魯閣號事故遇難者人數修正為50人，包括還受困在第6節車廂的遺體。已採得DNA檢體與家屬比對完成，不過50人中仍有2人待指認。交通部長林佳龍請辭，但暫被拒絕。
據中央社報道，台鐵408次太魯閣號事故造成重大傷亡，台灣花蓮地方檢察署主任檢察官周芳怡周日（4月4日）傍晚說明，鑑識人員在事故現場一方面搜證，一方面要採檢DNA檢體。目前已查得身份，包括家屬主動詢問登記的身份有48人，這48人全數經家屬指認及以DNA比對型別相符。另有2名無名屍體，待家屬出面指認認領。
涉嫌肇事的義祥工業社負責人李義祥原被裁定新台幣50萬（約合1.75萬美元）元交保，花蓮地檢署不服提出抗告成功，花蓮地方法院周日重新裁定羈押禁見。
地院法官認為李義祥犯罪嫌疑重大，且有相當理由認為有逃亡、湮滅、偽造、變造之虞，裁定羈押，周日起羈押2月，並禁止接見、通信及受授物件。
台灣花蓮地方法院庭長兼發言人黃鴻達說，經承審法官訊問後，依據被告李義祥陳述內容，以及檢察官歷次提出各項證據資料，認為李義祥涉犯刑法第276條過失致死罪嫌，犯罪嫌疑重大，於是裁定羈押禁見。
另外在太魯閣號事故現場東正線搶通方面，交通部次長、台鐵代理局長祁文中指出，截至晚間8時許，已移除3節車廂，目標要移除4節車廂；令人關注的是，運安會發現肇事吊卡車行車記錄器。
在隧道勘查安全檢測方面，土木技師拱祥生指出台鐵有五大工程疏失，包括現場沒有設置施工圍籬、臨時便道鋪面也應加強摩擦係數，甚至質疑是台鐵只關注西正線施工安全，而疏忽掉西正線施工的工程作為會不會影響到東正線的安危問題。
拱祥生還認為，施工至少要有施工圍籬，尤其斜坡要在邊坡旁邊設立新澤西護欄防止車輛衝撞等。
鑑於這起事故傷亡慘重，交通部長林佳龍向總統蔡英文與行政院長蘇貞昌口頭請辭。總統府發言人張惇涵周日表示，林部長已表達他的立場，蔡總統肯定林佳龍負責任態度，但目前還不是談論這個問題的時間點。
行政院發言人羅秉成周日也證實，行政院長蘇貞昌周六已接獲林佳龍口頭請辭電話，院長肯定林部長負責任的態度，但現階段以搶修、搶通為先，把善後做好，也是負責任的表現，現在不談這個問題。
林佳龍在4月2日太魯閣號出軌後表示，為努力不夠而向國人道歉，他不會、不能在此時一走了之，但理當須承擔一切政治責任。
林佳龍4日深夜在面書貼文說，作為交通部長，他責無旁貸，當然必須承擔起一切的責任，他會堅守崗位做好善後工作，在搶救的工作暫告一段落之際，不戀棧職位、負起完全責任，辭去交通部長一職，此刻，仍會全力協助搶救、搶修、撫卹、疏運及配合調查。
林佳龍坦言，事故第一天他就已向總統及行政院長請辭。這數日來的批評，他本應概括承受，做得不夠好，改革的腳步不夠快，必須接受社會批判，辭職是最基本的負責，他留下的日子不是戀棧，而是求能善後。＃
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