中國武漢不明肺炎疫情持續蔓延，台灣疾管署1月6日表示，根據中國疾病預防控制中心的通知內容，因尚未發現有明顯人傳人現象及醫護人員感染，並已排除流感、禽流感、腺病毒、嚴重急性呼吸道症候群（SARS）和中東呼吸症候群冠狀病毒感染症（MERS）等呼吸道病原之可能，感染源仍待釐清，但不排除是被「某種動物來源感染」。
根據中國疾病預防控制中心通知指出，截至5日8時，累計病例共59例，其中重症7例，無死亡病例，個案發病時間介於2019年12月12日至12月29日間，另外追蹤163名密切接觸者，均無發燒等異常症狀，因截至目前，尚未發現明顯人傳人現象及醫護人員感染，並已排除流感、禽流感、腺病毒、嚴重急性呼吸道症候群（SARS）和中東呼吸症候群冠狀病毒感染症（MERS）等呼吸道病原之可能，感染源持續釐清當中。
疾管署副署長莊人祥表示，透過中國送給衛生組織的報告中觀察，「可能跟華南海鮮市場動物感染源有關」，目前華南海鮮市場已經關閉，關閉後是否能避免後續病人的發病，會是一個可以觀察的重點。
另對於染不明肺炎個案從44例增加到59例，原先11例重症減少為7例的原因為何。莊人祥表示，雖然從原先44例增加到59例，但病人發病時間都相同，只不過是最近才陸續通報，因此不代表疫情擴散，民眾不需過於緊張，另外重症從11例減少為7例的原因，預估是因為有排除一些被驗出流感或染其它病毒的個案，但還是須交由中國來說明。
疾管署6日下午召開臨時記者會，疾管署長周志浩表示，稍早行政院副院長陳其邁邀集衛福部及相關部會，為因應黃曆中國新年假期，並指示3點，分別是針對機場進行加強檢疫、請醫院能警覺、並落實「TOCC」問診。
另外，周志浩表示，6日下午已向大陸方面發出信函，希望能讓台灣相關專家到武漢地區了解情況，不管是染肺炎的病人臨床情況或走訪華南海鮮市場，相信都更能掌握疫情情況。#
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