日本衛生部1月10日說，在四名從巴西亞馬遜（Amazonas）州來的入境旅客中發現了一種新的中共病毒（俗稱新冠病毒、武漢病毒、COVID-19）變種，跟在英國和南非發現的變種毒株都不相同。這表明在大流行肆虐期間，中共病毒正在不斷變異。
1月2日，四名旅客抵達東京羽田機場，包括一位40多歲的男子、一位30多歲的婦女和兩位十幾歲的男女。四人在機場做病毒檢疫時，被發現是陽性，後來被檢出新的變種病毒，跟英國和南非發現的變異病毒都不同。
那名40多歲的男子抵達時沒有症狀，後來出現呼吸困難，而那位30多歲的婦女出現頭痛和嗓子疼，十幾歲的男子發燒，十多歲的女子沒有症狀。
日本衛生部的一位官員說，他們目前正在研究疫苗是否可以防治這種新的變種病毒。
日本國立傳染病研究所所長Takaji Wakita說，「目前，尚無證據表明新發現的巴西變種病毒具有很高的傳染性。」
目前日本疫情嚴重，病例急劇上升。1月9日全國確診7790人感染中共病毒，連續三天超過7000人。東京為2268人，連續三天逾2000人。
首相菅義偉1月7日在防疫對策本部會議上宣佈，對東京和相鄰的三個縣（東京都和千葉縣、神奈川縣、埼玉縣）發佈「緊急事態宣言」，本月8日零時起生效，為期一個月到2月7日止。
日本厚生勞動省1月8日決定，隨著一都三縣的緊急事態宣言，從1月13日開始，所有入境日本的人都需提交病毒檢測為陰性的證明。#
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