《香港01》刪改了首批有關英國解密檔案六四事件的報道後，第二批文章至今未見諸報端。外界質疑《香港01》已「自我審查」，可能擱置了該文。
香港記者協會12月22發表聲明稱，《香港01》早前按英國解密檔案，製作了最少分兩天刊登的六四報道，但在20日首批文章上網後，原定於12月21日推出的另一篇稿件被擱置。
記協稱，極度關注該事件，記協擔心因報道涉及政治敏感議題而被《香港01》自我審查。
《香港01》12月20日早刊出有關中共軍隊六四掃射民眾、學生的殘暴行徑的文章後，該文曾一度被撤走，刪改了許多敏感信息後，在當天晚上又重新發表。
刪除的內容包括：裝甲車一次又一次輾過屍體，把他們壓成「餡餅」，再用推土機收集他們的死體及附帶的英文部份；27軍指揮官楊振華（Yang Zhenhua），是時任中共國家主席、軍委副主席楊尚昆的侄子，即楊白冰之子；刪除了佐證中共屠殺了至少10,000人的另一證據等。
《香港01》執行總編輯戚本業回應香港記協時稱，20日已上載兩篇報道，未有計劃再推出相關報道；總編輯龍景昌卻回應時表示，他不知道有第二批文章，他沒看過。
記協認為，《香港01》發佈首批報道後撤走，修改後才重新上架惹人疑竇，而第二批文章被擱置的做法並不尋常，令人擔心是有政治因素。
大紀元記者25日發文前，再次查閱《香港01》有關中共軍隊屠殺六四民眾的報道，仍沒有發現第二批文章。
據資料顯示，《香港01》的創辦人是香港資本市場的風雲人物于品海，他被指與中共政界關係密切，曾親自主導中共前領導人鄧小平去世的全球獨家報道等。
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