「港版國安法」的實施不僅導致大量民主派人士被捕，亦不斷滲透教育界。本港實施的「優配學額」計劃影響著大學的學額和資源。據悉，當局已向相關資助大學提出有關資助計劃的指標，包括要求將「港版國安法」教育列為必修課程。
資料顯示，從2009年已開始實施的「優配學額」計劃會要求院校每3年「回撥」4%至6%學額，並按各大學所提交的學術發展建議書的優次作重新分配，成為各間大學角逐教育資源的必爭之地，變相令教資會在審核中掌控各大學資源的生死大權。
教資會要求將「國安法」列為必修
據立場新聞報道指，教資會已就2022至2025年度的3年期「優配學額」計劃列出當局要求的指標，當中包括將「港版國安法」、《憲法》及《基本法》等教育列為必修，變相令各大院校為爭取資源而自我審查，而教資會亦未有就上課時數、內容或是教授形式等設立具體準則。
教協會長馮偉華直斥當局明顯利用資源操控，表示「雖然無明言（大學）要點做，但喺爭學額時加入要求，院校自然有壓力、要諗點回應」，馮表示擔心大學爭相迎合政府「要乜野」而主動改革。
馮偉華表示，擔憂慮院校為滿足教資會需求有較大壓力而將相關課程列作具有強制要求的課程，馮希望院校保持學術自主，並希望院校「以學術行先考慮」。
「優配學額」計劃一直備受爭議，被指造成院校間的惡性競爭以及削弱院校自主和學系的多元化，例如人文及社會學科等被削弱資源，更被批評該計劃導致大學管理層崇尚績效主義，影響院校自主權。
全球學術自由指數 香港被評為D
根據全球公共政策研究所（Global Public Policy Institute）近日公佈最新全球學術自由指數，香港被評為D，比俄羅斯和越南還要低，學術自由指數只有0.348分。香港也是過去5年學術自由倒退的最嚴重的地方之一。
以捍衛學術自由為宗旨的美國國際學術機構SAR（Scholars At Risk），對香港高等教育界近期所受的壓力深表關注，警告香港學者和學生正遭受無法逆轉的破壞，促請港府和大學校方確保學生和學者的權益，停止一切侵犯學術自由和院校自由的行徑。
SAR在去年11月發佈最新一期的年刊《Free to Think 2020》，嚴厲批評中共及港府違背國際人權標準的承諾，沒有保障及促進學術自由，認為這是香港教育界受到嚴重阻礙的主要原因。
年刊還指出，自2020年下半年實施「港版國安法」後，中共干預香港各大院校之間的學術自由和機構自主的情況日漸加劇，包括浸會大學拒絕續簽邵家臻、香港大學校委會解僱法律系副教授戴耀廷，令國際憂慮香港「國際學術交流中心」的地位不保。
而SAR總監羅賓遜（Clare Robinson）表示，香港的高等院校管理層迅速在校園採取行動，以「港版國安法」侵犯學術自由，「令全球研究員、教育工作者、學生和大學行政人員震驚」，包括規定課程需遵循「港版國安法」、大範圍取消校園活動、香港中文大學封殺當選學生代表等，令國際社會擔憂曾經作為世界一流研究、教學和思想交流等充滿活力的香港「可能失去其地位」。@
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