在中共對法輪功學員21年的殘酷迫害中，新疆眾多不放棄信仰的法輪功學員遭到中共虐殺、判刑、勞教、綁架、關押、抄家、騷擾、洗腦迫害。據明慧網信息不完全統計，新疆地區至少有49名法輪功學員在中共殘酷迫害中離世。
其中，17人被勞教所、監獄、看守所迫害致死；8人被公安警察迫害致死；2人被精神病院迫害致死；22人在迫害中含冤離世。以下列舉部份迫害案例。
新疆八一農學院教授焦天肆被烏魯木齊勞教所迫害離世
焦天肆，女，新疆八一農學院教授，約六十多歲。1999年底，焦天肆去北京為法輪功上訪，被新疆自治區「610」（專門迫害法輪功的非法機構）綁架回新疆後非法勞教，非法關押在新疆烏拉泊烏魯木齊勞教所，遭到嚴重迫害。
被迫害數月後，焦天肆的肝部出現疼痛，肚子開始腫脹，逐漸變大。新疆烏魯木齊勞教所害怕承擔責任，趕忙將焦天肆送回家。不久，她就含冤離世。
葛利軍被新疆昌吉勞教所打毒針離世
葛利軍，男，新疆某大學學生，因修煉法輪功被學校非法開除學籍，被迫流離失所，曾先後三次被非法勞教，共6年。
2000年，葛利軍被非法勞教3年，非法關押在昌吉勞教所；2001年1月，他在勞教所打坐煉功，被管教科長張延、顧建海用電棒電擊全身敏感部位。
昌吉勞教所對法輪功學員的迫害手段包括：教唆犯人毆打、侮辱法輪功學員，安排兩名勞教人員24小時監控法輪功學員；強迫高強度奴役勞動，每天奴役勞動達20小時之多，經常通宵達旦，睡眠嚴重不足；幹活期間，不間斷傳出警察的叫罵聲、耳光聲、磚頭砸背聲。
2003年，出獄不久的葛利軍再次被呼圖壁縣國保大隊警察綁架；2003年8月，又被非法勞教2年。
2007年3月至4月，葛利軍被特務王明宇騙至烏魯木齊火車站之後，被瑪納斯縣警察綁架，他隨身攜帶的1萬多元錢被搶走。參與綁架的還有烏魯木齊天山區國保大隊警察。
葛利軍再次被非法勞教2年，第三次被劫持到昌吉勞教所迫害，最後被打毒針。
2009年3月，葛利軍被釋放回家。他已被折磨得四肢僵硬，手和胳膊伸不開。2009年4月，家人送他去醫院診治，幾家醫院都見死不救，拒絕收治。2009年6月，葛利軍含冤離世，年僅33歲。
石河子牛夢玲被公安逼迫墜樓而死
石河子東熱電廠的法輪功學員牛夢玲，時年32歲。她與丈夫吳生民因修煉法輪功，被非法抄家、非法判刑。夫妻雙雙被石河子市東熱電廠開除。牛夢玲帶著三四歲的孩子四處謀職。警察還不斷跟蹤、監視，還到她家裏騷擾。
2004年11月26日，國保支隊的警察曹存東，宋理（中隊長）到牛夢玲家抄家並抓人。牛夢玲被迫從自己家一樓跑到弟弟家六樓。警察又追到六樓，把她逼到窗口墜樓害死。
目擊者只見牛夢玲從六樓的廚房窗口摔下，當場口鼻出血，昏迷不醒，後被送進石河子市人民醫院急診科，在醫院2個小時後去世。
牛夢玲離世後，當時「六一零」的頭目程克強對其父母進行哄騙、恐嚇，迫使他們同意屍體解剖後立即火化，以此消滅證據。事後曹姓、宋姓兩警察到處造謠說牛夢玲跳樓自殺，是煉法輪功煉造成的等。
昌吉市麻巨軍被精神病院迫害致死
麻巨軍，原昌吉市法輪功輔導站義務副站長。1999年10月，被非法勞教2年，在昌吉勞教所遭到警察張炎及顧建海、寧濤等人多次電擊。因絕食抗議迫害、煉功，被銬在床上4個月，後被非法延期8個月。
2002年5月，回家後，他又兩次被綁架進洗腦班迫害；2004年3月4日，被當地「610」綁架到烏魯木齊市南山板房溝鄉自治區洗腦班迫害，後劫持至烏魯木齊市第四醫院（精神病醫院）遭受非人的折磨。
2004年9月27日，他被迫害致死，遺體渾身浮腫，年僅41歲。
被中共不法人員單獨反鎖家中7年致死
謝志英，女，48歲，曾是新疆阿克蘇市地稅局幹部。因堅持修煉法輪功，她曾兩度被當地政府非法關押在精神病院裏。她在被精神摧殘致失語的情況下，又被阿克蘇市地稅局人員單獨反鎖家裏7年，不被允許與家人見面。
2011年8月，謝志英含冤離世。隨後，當局還拒絕其家屬見她的遺體。
母子遭迫害離世
包文君，新疆喀什麥蓋提紅光農場法輪功學員，時年60歲左右，曾多次遭受中共迫害。2005年，被非法勞教1年6個月；2007年，被麥蓋提縣法院非法判刑5年；出獄後，又被當地派出所綁架。
這期間，他的84歲的老母親曾去到麥蓋提縣委去要兒子，回家後含冤離世。被非法關押的包文君本人也被迫害致身體出現嚴重症狀，後含冤離世（具體時間不詳）。
一家五口含冤離世
白萬珍，新疆昌吉回族自治州阜康市九運街鄉人。她的父母姐妹一家五口都修煉法輪功，全家身心受益。
2000年，白萬玲因向人們發法輪功真相資料而被警察綁架並非法勞教，遭受種種非人的折磨。
因絕食抗議，她被強迫插胃管灌食，胃管把肺臟插破，最後出現嚴重的肺空洞、呼吸困難，致其不成人樣。勞教所怕承擔責任，通知她的家人把她接回家。由於身體受傷害太嚴重，她於2004年5月31日離世，年僅39歲。
其母李清芳（69歲）、父親白銀山（70歲）、大姐因承受不住壓力和悲痛先後離世。
14年來，白萬珍一直是當地公安警察重點監控、通緝、恐嚇迫害的對像，被迫流離失所，於2014年12月4日離世，時年63歲。一家五口在中共迫害中相繼含冤離世。
43名迫害者遭遇厄運
據明慧網2020年8月9日報道，自中共迫害法輪功21年以來，新疆參與迫害法輪功者遭遇厄運的至少有43人。
新疆中共書記陳全國等被美國制裁
新疆中共書記陳全國、前黨委副書記朱海侖、新疆公安廳廳長兼黨委書記王明山、前黨委書記霍留軍被美國制裁。
2020年7月9日，美國國務院宣佈，對中共新疆公安廳和陳全國、朱海侖、王明山、霍留軍四個中共新疆官員實施制裁，並限制陳全國、朱海倫、王明山三人及其家人進入美國。
自陳全國主政以來，新疆逐步變成了一所大監獄，法輪功學員也遭受到了前所未有的迫害。幾乎所有的新疆法輪功學員或被非法關押，或被限制人身自由，或被迫流浪在外。有的遭受酷刑，甚至連老人也不放過。
90歲高齡的法輪功學員嚴宜學曾被劫持到新疆石河子戒毒所辦的洗腦班非法關押近1年。石河子政法委書記王永康在眾目睽睽之下，對嚴宜學老人掌摑；輔警對她群毆，把她鎖在鐵椅子上近半個月。2020年中共「兩會」前，嚴宜學再次被綁架，至今杳無音信。
陳全國主政的新疆已建立了嚴密的監控網絡，安裝大量的錄像頭、臉部掃瞄儀。數據顯示，在陳全國上任不久之後的2017年裏，新疆就花費91億美元用於「維穩」，比2016年增加了92%。
新疆阜康市副市長趙建中被調查
中共「十九大」前後，新疆阜康市副市長趙建中被查。趙建中在阜康市任職期間，曾參與迫害法輪功。
自治區人大副秘書長李富源墜山死亡
李富源，新疆維吾爾自治區人大副秘書長，在任昌吉州州長期間，多次指示有關部門對法輪功學員非法判刑、非法勞教、綁架、非法抄家、洗腦。其中數人被打死，大批法輪功學員被判以重刑。2005年，李富源在天山翻車，墜入70多米的深谷，當場死亡。#
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