習近平上任後，對江派長期掌控的中共國安系統持續清洗。有消息說，習近平對國安情報系統的所作所為極為不滿，「十九大」後，違紀的國安系統人員及其後台，將被中紀委處理。
中共現行國安系統、情報系統是在江澤民時代形成的，包括國安部、各種對外的特務間諜機構及對內的政法系統機構。該系統曾由江派長期掌控，並廣植黨羽，滲透政治、經濟、軍隊、外交和宣傳等領域，一度形成架空胡溫的「第二權力中央」。
《明報》9月18日的報道引述一名北京消息人士的話稱，中紀委系統與前國安情報系統的矛盾或將在十九大後爆發，是中共高層鬥爭的看點之一。中共國安系統曾長期掌控在曾慶紅、周永康的手中。消息人士指，在此期間，中共國安情報系統部份高官破壞了鄧小平主政時期立下的國安系統不干預國內政治鬥爭的規矩。除了習近平對此嚴重不滿外，違規違紀的國安系統人員及其後台，也是中紀委嚴肅處理的對象。
自2012年王立軍案發，薄周政變計劃被曝光。習近平從被確定接替胡錦濤的位置後，電話就一直被周永康的馬仔、國安系統的特工監聽，行蹤也被監視。習早就想整頓國安部。
習近平上任後的第一個動作，就是將政法委踢出政治局常委；2013年底又對國安系統動手，打掉「黑老大」周永康以及與周有密切關係的國安部高層的馬建、邱進、梁克等人。此外，前中共國安部長耿惠昌和許永躍也傳出負面消息。
《紐約時報》曾報道，梁克涉嫌把來自國安局間諜網、電話監聽以及北京的告密者的信息轉交給周永康。此外，梁還在邱進的指揮下，執行竊聽、監視一些中共政治局常委行蹤的行動，並將這些監視資料提供給周，為其陰謀政變提供情報。
2015年1月，曾慶紅、周永康的心腹馬建落馬。據港媒透露，周永康指令國安部祕密構建了一個全國廳局以上領導幹部的個人資料和言行信息的情報庫，收集了數以萬計黨政高官的個人情報。
更嚴重的是，在周永康與令計劃等人結成同盟後，該庫被周永康和令計劃所利用，為上千名他們認為是「異己勢力」的官員做了標籤，收集這些人的不利材料，其中包括胡、溫、習、李，必要時即可放出，致這些政壇對手於「死地」。
針對情報系統的「大叛變」，北京開始進行整頓。流亡海外的中國學者何清漣今年8月在美國之音撰文表示，北京雖然不願意挑明國安系統這場人數不少的集體「叛變」，但受傷頗深。因此，北京不得不在明暗兩條戰線上應付對手。
文章說，習近平將政法系和情治系徹底打散重組，從機構到人事都進行改組，中共情治系統歸國家安全委員會管理，習親任國安委主席。
文章指，6月27日，中共通過了首部《國家情報法》，被解讀為中共情報機構歷史性擴權。同時，大幅裁撤國安系統人員，將其併入公安國保系統等。未來大陸的國安體系中，國安委將位於「金字塔尖」，其下的各類安全部門各行其是。
外界分析指，江澤民、曾慶紅在喪失中共黨政軍大權之後，其所操控的國安特務系統成為反撲、攪局、發起另類政變的最後勢力。
此外，中共國安系統還有另一項隱密的工作，即參與迫害法輪功，如在海外實施迫害、迫害回國的海外法輪功學員等。中共大部份派遣至海外的間諜都屬於這個系統。
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