但陳馮富珍本人執政記錄極差。陳馮富珍任職世衛總幹事之前任香港衛生署長,其最大的「政績」卻是在沙士(SARS)爆發期間反應遲緩,在廣州爆發疫情開始時未能投入適當的關注,隱瞞消息,最終導致沙士疫情越過邊界在香港爆發,造成有299人送命。

更早前,1997年香港爆發禽流感、香港出現全球第一宗人類感染個案時,時任香港衛生署長陳馮富珍不是教大家提防,而是告訴港人安心吃雞,說︰「我日日都吃雞,大家不需要擔心」,直至疫情擴散,不得不全面殺雞和其它家禽,控制疫情。陳馮富珍也因此被封為「雞珍」。

面對處理沙士手法遭批評時,陳馮富珍則表示「不要以事後孔明之見,求全責備••••••」、「本港傳媒為何只從香港的角度看沙士、翻舊帳,而不從國際視野出發」,惹來傳媒、醫護人員、病患及家人的強烈不滿。

香港立法會2004年就沙士事件發表調查報告,批評陳馮富珍處理疫情的表現,又通過了譴責她的動議。但因當時陳馮已經被中共擺到世衛擔任一個高級職位,政府無法對這位離任官員進行任何恰當的懲處行動。

陳馮富珍成為世衛總幹事後,明報也以《Sars病人家屬百感交集》報道了一些香港市民對陳馮富珍的怒氣未消,更有死者家屬憤怒地形容這是「世衛之恥」。