但陳馮富珍本人執政記錄極差。陳馮富珍任職世衛總幹事之前任香港衛生署長，其最大的「政績」卻是在沙士（SARS）爆發期間反應遲緩，在廣州爆發疫情開始時未能投入適當的關注，隱瞞消息，最終導致沙士疫情越過邊界在香港爆發，造成有299人送命。
更早前，1997年香港爆發禽流感、香港出現全球第一宗人類感染個案時，時任香港衛生署長陳馮富珍不是教大家提防，而是告訴港人安心吃雞，說︰「我日日都吃雞，大家不需要擔心」，直至疫情擴散，不得不全面殺雞和其它家禽，控制疫情。陳馮富珍也因此被封為「雞珍」。
面對處理沙士手法遭批評時，陳馮富珍則表示「不要以事後孔明之見，求全責備••••••」、「本港傳媒為何只從香港的角度看沙士、翻舊帳，而不從國際視野出發」，惹來傳媒、醫護人員、病患及家人的強烈不滿。
香港立法會2004年就沙士事件發表調查報告，批評陳馮富珍處理疫情的表現，又通過了譴責她的動議。但因當時陳馮已經被中共擺到世衛擔任一個高級職位，政府無法對這位離任官員進行任何恰當的懲處行動。
陳馮富珍成為世衛總幹事後，明報也以《Sars病人家屬百感交集》報道了一些香港市民對陳馮富珍的怒氣未消，更有死者家屬憤怒地形容這是「世衛之恥」。
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