政府於2015年推出回收基金，希望通過協助回收業提高作業能力和效率，推動回收業的可持續發展。最新一份審計報告指出，環保署處理回收基金的申請當中，有16%的處理時間偏長，超過180日，最長更達608日。報告亦提到部份類型的申請被拒率偏高，建議環保署需協助申請者更了解申請資助所須的要求。
審計署在報告指出，回收基金部份申請未能在期限內處理，例如就｢ 標準項目——$100 萬 ｣和住宅樓宇智能回收箱項目，有2宗申請未能在期限內處理。
就回收基金在2015年10月至2023年3月期間，已處理的3,222宗申請，當中506宗（16%）申請的處理時間超過180日，介乎181至608日不等。在一次性抗疫資助計劃的2,488宗申請中，有328宗申請的處理時間介乎181至486天不等，但防疫抗疫基金各項資助計劃的承諾處理時間介乎2星期至2個月不等，遠少於180天。
環保署則解釋，部份申請的處理時間偏長，原因是申請者花很長時間才能提供足夠的證明文件或符合申請要求，以及部分申請涉及較複雜的項目，故需預留較長時間仔細和慎重考慮。審計署認為，環保署需要採取措施，包括主動跟進申請者的情況，以盡早處理完申請。
審計署又留意到，在3,222宗申請中，有626宗(19%)申請被拒，當中企業資助計劃、行業支援計劃、重置租金資助計劃項目和新成立及初創企業開展項目的申請被拒比率特別高，介乎41%至51%不等。被拒原因包括申請者在多番要求下仍未能提供足夠資料；建議項目超出回收基金的範疇；申請者未能展示特定的廢物類別如何從堆填區轉移；建議項目並不可行或不符合成本效益等。審計署認為，環保署需要加強措施，協助申請者更了解申請資助所須的要求，並提交符合要求的申請書。
另外，回收基金《標準運作程序》訂明，處理回收基金撥款發放的內部期限為14個曆日。審計署留意到，在2020年1月至2023年3月期間，基金秘書處處理289宗撥款發放申請，當中有50宗(17%)申請，基金秘書處在完成資料核實程序後的15至60日（平均為26日）才發放撥款予獲資助者，未能符合14個曆日的期限。
報告亦提到環保署在去年9月修訂回收基金資助的條款和條件，加入有關維護國家安全的指引和規定，當局可以「不利於國家安全」為由立即終止與申請機構簽訂的協議。
報告引述環保署署長回應，指同意審計署的建議，並會與基金秘書處合作採取適當的跟進行動和改善措施。@
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