自進化論被提出以來，越來越多事實表明無法找到足夠證據予以證明。而且事實和150年前達爾文希望的正相反，越來越多證據說明進化論並非科學理論，不符合科學可被實驗檢驗的原則。
1 無可見「進化」證據
科威特慈善機構製作的《尋求真相頻道》視頻顯示，相信進化論的加州大學洛杉磯分校進化論教授及各學科學生都無法舉出一例可見的證據說明生命在進化，只是用想像中的幾千萬年前的推測作為理由，「比如我們看看6,500萬年前的生物……」不過，誰也看不到6,500萬年前的生物具體在甚麼樣的生活環境，保持甚麼樣的生存狀態。
助教暨人類學博士蓋爾．肯尼迪說：「進化論無法用時間來檢測。」其他學生表示，他們只是相信學校教科書所講的而已，但確實無法真正找到實際例子。
2 無物種正在「進化」
大學教授對能否舉例說明物種正在變化的問題回答「沒有」。科普中常提及的耐藥菌變異並非物種變化的證據，因為其從未變成其它物種，僅是細菌生存能力發生變化，從而可以不被藥物殺死。
生態學及進化生物學教授彼得．諾納克斯說：「我想，我能舉出的例子是幾千萬前的貓和狗。」但這也不是一個物種變成另一個的例子。這僅是貓、狗物種中發生的群體變化而已，和達爾文設想的整個物種徹底變化沒有任何關係。
達爾文用來說明物種進化的加拉巴哥雀也從未變成其它物種。雖然這種雀鳥在不同的生活環境中，長有不同形狀的喙，但是這僅是適應而非進化。
尤其是所有化石紀錄顯示，沒有所謂的「中間過渡類型進化」物種，全都是一個物種消失，而突然出現另外的新物種。
而一些「活化石」經過幾千萬，甚至上億年時間總保持不變，完全未按達爾文設想的變成其它物種。如經過3.5億年歷史的腔棘魚仍舊是老樣子。而進化論者認為這種魚是人的祖先，稱這些水生動物爬上陸地後變成其它物種，最後成為人。
科學方法的基礎是通過觀察和實驗蒐集數據，但進化論並不符合這種原則。
3 邏輯錯誤
進化論經常說的重演律實際上犯有最基本的邏輯推理錯誤：如果生物進化，那麼物種將在胚胎發育上具有相似的外形來重複祖先的特徵；現在物種之間的胚胎外形有相似的特點，即一定是祖先進化而來。其邏輯是：哥哥比弟弟歲數大；而這個人比那個人歲數大，那麼這個人一定是那個人的哥哥。
尤其是繪製所謂重演律圖說的德國科學家海克爾偽造人類、兔子、雞、烏龜的胚胎外形。英國倫敦醫生李察遜揭露了海克爾的蓄意造假，並查詢海克爾當年被判有罪的紀錄，所以至今德國課本中找不到海克爾的圖畫。但其它國家的生物學教科書仍使用海克爾的造假胚胎對比圖。
分析進化論錯誤的網站自由人表示，在當前教育系統中，「所有進行邏輯思考及依靠科學證據推理的學生如果提出對進化論的質疑，就會被指責為荒唐」，學生因此不敢提出疑問。
博文《揭穿進化論真相》寫道：「從哲學角度分析，進化論的所有內容都是搜索算法。」 這是指按照既定目的進行蒐集論據的方法，明顯不符合科學根據事實提出假設或理論的原則。達爾文自己也這樣說：「將來一定會找到支持所謂物種進化證據。」
文章還表示，即使生物進化觀點正確，也解釋不了各種複雜生命現象或否定創造論，「『生物是進化而來的』這種說法，就像認為谷歌創造了互聯網」。
進化論充滿邏輯錯誤。美國律師詹菲力在《審判達爾文》一書中表示，雖然進化論者沒有找到令人信服的證據，他們的論證也經常邏輯矛盾，但他們最常用「進化是事實」的詞語來對抗質疑，「將進化學說改裝為事實，唯一的目的是要保護進化論不被揭破推翻」。
進化論者為維護其理論，將「進化」這個詞用來描寫完全不同的過程。如黑蛾、白蛾相對數量的改變叫作「進化」；製造活細胞、多細胞生物、眼睛和人類的智慧也叫「進化」。任何變化都可能被進化論者說成是「進化」。詹菲力說：「達爾文主義者使用模糊的說法，故意用一個『進化』的單詞，使我們忽略其中極大的困難。」◇
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