進化論本身漏洞百出，達爾文拿出時膽膽突突。比如他無法解釋開花植物的起源，稱之為「討厭的謎題」。他在《物種起源》裏承認：「眼睛是通過自然選擇而形成的假說似乎是最荒謬可笑的」，因此他坦白地說：「到目前為止，每次想到眼睛，我都感到震駭。」
達爾文28歲那年開始寫第一本物種演變筆記，兩年後即患一種怪病，每天頭痛、失眠，莫名地恐懼與焦慮，這種查不出病理和病源的怪病一直纏身四十多年，直到他離世，連當世名醫都看不好。
反對基督神學誹謗上帝
達爾文在炮製進化論之前，對威廉佩利的「智能設計」的思想頗為信服，威廉佩利認為宇宙的設計說明一定有一位聰明的創造者，就像精密的手錶一定出自一位聰明的設計師之手。
但當達爾文提出進化論假說之後，他認為「上帝創世說」不可相信。他在杜撰進化論的第三年就寫道：「《舊約》就像印度人的聖書或野蠻人的宗教一樣不可信，因為其中記載的世界史顯然是虛假的，包括巴別塔、作為記號的彩虹等等，而且把上帝描述成一個有報復心的暴君。」
達爾文越來越不相信原罪，他對人類自身的痛苦感到不理解，認為數百萬的低級動物在近乎無窮的時間裏受苦，上帝的慈悲確實有限，因此而不可信，他認為一切都是自然選擇的結果。
達爾文提出的進化論遭到了社會各界乃至政界的反對。在撰寫《物種起源》的過程中，他還怪病纏身、子女夭折，因此他更加痛苦不堪，越加的不理智，他將「自然選擇」謬論視為自己的孩子，生物學家華萊士儘管贊同進化論，但認為人的大腦是不可能進化來的，達爾文因此而指責他：「我希望你還沒有完全殺了你我的孩子（自然選擇）。」
晚年的達爾文，不斷地有人詰問他對待宗教的態度，和他辯論，他最終不得不說，「這是一道人的智慧所高不可攀的大難題。」並將自己的信仰歸為「不可知論」一類。
子女夭折 怪病纏身
1839年1月達爾文與表姐埃瑪結婚，婚後他們共有六子四女共十個兒女。可悲的是，這些兒女的狀況都不好。
長子威廉、四子倫納德、三女亨利埃塔均無生育能力，次子喬治有神經質，三子費朗西斯患精神憂鬱症，五子雷勒斯多病，一直需要母親照料。四女伊莉沙白終身未嫁。長女安妮1841年生，10歲時患猩紅熱死亡，次女瑪麗1842年出生後即死，六子小查理1856年生，2歲時死亡。
達爾文的妻子埃瑪是一位虔誠的基督徒，她曾經多次勸說過達爾文修改《物種起源》，她對進化論的危害相當明白，她認為：「如果人們失去了對上帝的信仰，就會失去一切希望」，她也規勸過達爾文回歸對上帝的信仰，但達爾文不是搪塞就是拒絕。
在子女多次夭折時，埃瑪深知這是達爾文杜撰進化論的報應，因此而非常痛苦。達爾文晚年通過研究花粉傳播得出結論：他的子女夭折是近親聯姻的結果。這個結論很勉強，當時近親結婚在歐洲是很普遍的現象，這並不能解釋發生在達爾文身上的案例，而達爾文的怪病就更為離奇了。
達爾文在撰寫《物種起源》筆記的第三年就患了一種叫不出名的怪病，經常噁心嘔吐、焦慮和恐懼，晚間失眠頭痛，伴有胃痛、口腔潰瘍等，每天通常只能工作兩三個小時，「從來沒有過上一天普通人的健康生活。」
在這些痛苦來臨時，他無能為力，甚至多次預感到死亡的來臨。奇怪的是，當醫生來時，所有症狀都沒了，醫生查不出是甚麼原因，達爾文的父親就是當地著名的醫生，根本不知道怎麼醫治兒子的病，四十多年，達爾文請了二十多位著名的醫生都看不好他的怪病。
人們最後只能歸結為是一種精神不安症。有些醫生推測是航海時遭到了某種野外生物的叮咬，後來也否定了，因為這種情況不可能導致幾十年的精神病症，況且同航的船員為甚麼就沒有同樣的症狀呢？
達爾文經常把自己泡在冷水裏或躲在又冷又濕的被子裏半天，來緩解他犯病時內心的恐懼，有時會採取自虐的方式以期見效：把浸過醋的銅絲或鋅絲纏在自己身上解除精神苦痛。
但是一切手段和醫療方法都無濟於事。達爾文的症狀有些像中國傳統古書中寫的，人做了不好事的時候，召來了陰性的靈物附體，一般的醫療手段觸及不到它。1882年的一天，達爾文再次強烈感覺心悸和死亡的來臨，這次，死神真的來了。
進化論成為共產主義理論的幫兇
大紀元系列文章《魔鬼在統治我們的世界》中揭示道：「達爾文的進化論原是沒有根據的假說，其立論之魯莽滅裂、推理之粗糙荒謬有目共睹。魔鬼要切斷人與神的聯繫，把神造的人貶損成動物，並進一步使人喪失自尊，推廣進化論邪說。」
進化論發表後，儘管受到了諸多譴責聲，但英國博物學家赫胥黎和斯賓塞卻很贊同這一學說。他們更將其引入社會學，炮製了所謂的「適者生存」的社會達爾文主義。
達爾文的《物種起源》發表後，很快得到了馬克思的欣賞，馬克思毫無掩飾地說：「這本書可以用來當做歷史上的階級鬥爭的自然科學根據。」
可以說，共產主義將其無神論和鬥爭哲學的核心理念通過與社會達爾文主義適者生存的理論聯姻，達到了意想不到的欺世盜名效應與破壞傳統的效果。
共產黨的暴力革命鼓勵造反有理，達爾文的進化論恰好從自然科學角度迎合了這種口味。共產黨在中國誕生後對神佛道統與傳統文化的破壞，在當時西學東漸的背景下，生物進化理論做了天衣無縫的呼應，無怪乎李卜克內西更將達爾文和馬克思比作是「革命的槓桿的不同支點」。
1912年，孫中山指出：「20世紀以前，歐洲諸國，發明一種生存競爭之新學說……此種學說，在歐洲文明進化之初，固適於用。由今視之，殆是一種野蠻之學問……誠以強權雖合於天演之進化，而公理實難泯於天賦之良知。」
在19世紀的後期和整個20世紀，進化論就像另一隻幽靈一樣迅速席捲全球的科學界、知識界與教育界，人們不假思索地將它奉為生物與人類社會發展的剛性原則與威權理論。
在西方，達爾文進化論是荒唐的不證自明的科學觀點和「政治正確」。在中共統治下的中國，達爾文進化論已經不只是不可動搖的「科學真理」，更是潛在的劃分政治立場的界限，不相信進化論很可能會被中共視為異己份子和敵對勢力。
與此相適應的「弱肉強食」「成王敗寇」「落後就要挨打」等等充滿鬥爭性的「戰狼」心態與民族主義極端情緒大行其道，而沒有進化論偽科學思想的蠱惑，是很難達到這一點的。
進化論 已經不起作用了
在如今西方社會，達爾文進化論越來越遭到人們的質疑與批判。1981年，在大英自然歷史博物館的達爾文陳列展覽的小冊子中明確地寫著：「自然選擇的進化觀念嚴格地說是不科學的。」
2001年，約100名科學家簽署了「對達爾文主義進化論的科學質疑」宣言。同年，西雅圖「發現學會科學與文化中心」表示有500名擁有博士學位的科學家聯合簽署了一份聲明，對達爾文的進化論提出了質疑，其中有在美國國家科學院和俄羅斯科學院享有很高聲望的成員。
2019年，在達爾文210年誕辰日，超過1000名科學家對達爾文進化論提出公開質疑。人們更是反對把毫無科學根據的假說當作真理灌輸給孩子們。
科學記者米爾頓說他曾經是一名堅定的進化論支持者，滿懷熱情地收集了很多案例想要支持達爾文進化論，最後他失望了，它們一個接一個地打破了他的幻想。不管人們是否把它說出口，事實上，穿著新裝的皇帝顯然和猩猩一樣是光溜溜的。
傑伊古爾德先前同樣是一位進化論的堅決擁護者，但他也指出：「所有的古生物學家都知道，過渡形態的化石證據微乎其微，主要族類之間的過渡形態更是極其缺乏。」
人們把進化論缺乏過渡物種化石支撐，叫做「缺失的一環」，1967年，人類學家路易斯李基就更明確的說：「這兒根本沒有甚麼缺失的一環，而是缺失的無數環。」
並且很多科學家都已做出了這種結論。因此米爾頓說：「結果是確鑿無疑的，進化論已經不起作用了。」◇
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