《水滸傳》存在大量糟粕，大致可歸為以下幾類：
(一)殘忍行為
《水滸傳》某些殺人行為是相當殘忍的，例如李逵殺黃文炳、石秀殺潘巧雲，都使用極之殘忍的方法。如果陷害宋江的黃文炳還算是死有餘辜的話，那麼背夫偷漢和以讒言迫走石秀的潘巧雲卻罪不至死，事實上，後世對石秀的評論，多認為他的手段過於狠毒。剖腹剜心是綠林慣用刑罰，如射殺晁蓋的史文恭便遭受這種極刑。十字坡孫二娘和揭陽嶺李立迷暈過路客商並拿來作人肉饅頭，以及清風山強人捉拿過路人剖心製「醒酒湯」，這些行徑便實在難以教人認同了。
(二)濫殺無辜
梁山泊為一夥造反者，攻城略地時難免會殃及無辜百姓。可是《水滸傳》中描寫的很多殺人行為卻屬濫殺無辜，其中尤以黑旋風李逵為甚。李逵上陣時奮勇殺敵，人所稱道的，可是李逵在殺得性起時，往往敵友不分。以下四宗殺人事件，更令人髮指。一為了迫朱仝上梁山而殺害滄州的小衙內，殺害無辜幼童傷天害理。二為迫公孫勝回梁山而企圖殺害其師傅羅真人。雖然李逵終究殺不了懂得法術的羅真人還被其戲弄，但其行徑實在有違朋友之道。三在三打祝家莊戰事即將完結之際，把已與梁山達成和議，並將擒祝家三少爺獻梁山的扈家莊闔莊老小全部殺害。不僅殘忍，而且違反協議，實在有損梁山信譽。四則殺害有意投奔梁山的韓伯龍，真是莫名其妙。
除李逵外，孫二娘、李立、清風山強人，也都有殺人越貨盜賊行徑、為迫人落草而不惜殺人嫁禍他人的行徑。
(三)盜賊和惡霸行為
誠然，在梁山眾多頭領中，確有路見不平、拔刀相助的真英雄，如魯智深、石秀等是，尤其是魯智深，為了幫助素未謀面的金老頭父女和好友林冲，竟致兩次被迫流亡。也有本性善良，但為奸人所害不得不上梁山的好漢，如林冲便是。不過，我們亦不難發現，梁山眾頭領中不乏綠林大盜，他們有些人的行徑實難稱上「好漢」。梁山早年規定，新入夥者須在山下殺一個人，取其首級送上山作為「投名狀」；張橫在潯陽江上當水賊，在劫人財物後還迫人跳船，宋江便差點被他迫得淹死於潯陽江中；周通在桃花莊強娶劉太公女兒作壓寨夫人，其行徑跟某些貪官惡霸強搶民女沒有太大分別。
「智取生辰綱」事件，本質上也是一種「黑吃黑」的強盜行徑。雖然吳用等人曾以生辰綱為「不義之財，取之何礙」作為他們劫奪生辰綱的「合理化解釋」，不過根據《水滸傳》的記載，他們劫奪生辰綱完全沒有劫富濟貧的意思，而是準備私分，從公孫勝對晁蓋所說「此一套富貴，不可錯過」便可清楚看出。因此嚴格地說，他們只是劫「不義之財」遂其私心。後來宋江在攻州奪府後確有開倉賑濟窮民之舉，但這不能說明梁山從來都是以劫富濟貧為宗旨的。
除了盜匪，梁山頭領中也有本來即是土豪惡霸或惡吏。例如潯陽鎮上的穆弘、穆春兄弟便是典型的惡霸，薛永在鎮上賣藝而宋江給他賞銀時，穆氏兄弟竟以薛永未拜見他們而追打薛永和宋江，大有勒索「保護費」之意。曾擔任江州兩院押牢節級的戴宗，也是名惡吏。宋江被押解至江州牢城時，戴宗便首先向宋江勒索賞銀，這跟林冲在滄州牢城營遇到的那名差撥沒多大差異。
(四)有歪正理或俠義之道的行為
《水滸傳》中最受人非議的是一些有歪正理或俠義之道的行為，主要表現在梁山人物為人落草為寇，竟不擇手段，做一些有違俠義之事，甚至嫁禍當事人，令他走投無路。除李逵殺害小衙內迫朱仝上梁山，手段最骯髒的當推宋江迫秦明落草清風山的手法。為斷秦明歸路，宋江竟派人假扮秦明，在青州外圍屠殺了數百家平民，害得秦明一家為官府所殺，無處容身。常言道「盜亦有道」，宋江在這件事上完全違反正道。
此外，如為迫徐寧上山，派遣時遷前往盜取其家傳之寶雁翎甲，引徐寧追捕時遷，然後設法迷暈徐寧，將其挾持上山，並派人假扮徐寧為盜劫奪客商，以斷其歸路。蕭讓、金大堅也是在非自願情況下被哄騙上山的。
梁山部份頭領的行為也非好漢。除周通強娶民女，最為人詬病的當推身居五虎上將之一，自號「風流萬戶侯」的董平。董平因被梁山軍生擒投降，且在東平府城破之時殺害程萬里全家，奪其女兒。董平所為比起垂涎林冲妻子美色的高衙內來說，真是有過之而無不及。
《水滸傳》對小說中人物的好惡，很大程度是視其是「站在哪一邊」 。同樣是奪人妻女，淫辱良家婦女的綠林強人，周通、董平可以成為梁山「好」漢；而瓦罐寺的崔道成和邱小乙、蜈蚣嶺的王道人、牛頭山的王江和董海等卻成反面人物，為梁山英雄所殺。同樣是劫奪客商、迫人跳江的水賊，潯陽江的張橫可以成為梁山頭領，而揚子江的張旺和孫五卻要做梁山頭領張順的刀下鬼，其分別只在於前者是張順的哥哥，而後者卻「有眼不識泰山」，竟然打劫張順。◇
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